W kolejnej dekadzie Carlos zacz±³ tworzyæ w³asne utwory, nagrywaæ z wielkimi postaciami sceny muzycznej – Johnem McLaughlinem, Herbiem Hancockiem, Waynem Sorterem, Billym Cobhamem - oraz sprawdzaæ siê w muzyce eksperymentalnej jazzu i jazz-rocka. W latach osiemdziesi±tych i dziewiêædziesi±tych jego popularno¶æ wyra¼nie spad³a. Muzyka straci³a na charakterze i muzyk ust±pi³ miejsca twórcom muzyki pop i zespo³om. Pod koniec lat dziewiêædziesi±tych powróci³ z impetem, wydaj±c p³ytê „Supernatural”, opartej na wspó³pracy z m³odszymi gwiazdami - Robem Thomasem, Everlastem, czy Maná.
Rok przed wydaniem „Supernatural” Santana zosta³o wprowadzone do Rock and Roll Hall of Fame. W 2003 roku znalaz³ siê na piêtnastym miejscu na li¶cie „100 najlepszych gitarzystów wszechczasów” magazynu „Rolling Stone”.
Dzi¶ Santana nie pokazuje siê w mediach, choæ w roku 2006 wzi±³ udzia³ w kampanii reklamowej radia RMF FM. Wraz z ¿on± utworzy³ te¿ fundacjê wspieraj±c± kupno sprzêtów medycznych dla chorych dzieci. Artysta wci±¿ pracuje nad nowymi albumami. Ostatni to „Guitar Heaven: Santana Performs The Greatest Guitar Classics od All Time” z 2010 roku.
Dzi¶ muzykê której pocz±tek da³ Carlos Santana nazywamy latynosk±. W swojej twórczo¶ci muzyk wykorzystywa³ mieszankê gatunków muzycznych i szybkie brzmienia gitarowe na wzór stylu Ameryki £aciñskiej.