W kolejnej dekadzie Carlos zaczął tworzyć własne utwory, nagrywać z wielkimi postaciami sceny muzycznej – Johnem McLaughlinem, Herbiem Hancockiem, Waynem Sorterem, Billym Cobhamem - oraz sprawdzać się w muzyce eksperymentalnej jazzu i jazz-rocka. W latach osiemdziesiątych i dziewięćdziesiątych jego popularność wyraźnie spadła. Muzyka straciła na charakterze i muzyk ustąpił miejsca twórcom muzyki pop i zespołom. Pod koniec lat dziewięćdziesiątych powrócił z impetem, wydając płytę „Supernatural”, opartej na współpracy z młodszymi gwiazdami - Robem Thomasem, Everlastem, czy Maná.
Rok przed wydaniem „Supernatural” Santana zostało wprowadzone do Rock and Roll Hall of Fame. W 2003 roku znalazł się na piętnastym miejscu na liście „100 najlepszych gitarzystów wszechczasów” magazynu „Rolling Stone”.
Dziś Santana nie pokazuje się w mediach, choć w roku 2006 wziął udział w kampanii reklamowej radia RMF FM. Wraz z żoną utworzył też fundację wspierającą kupno sprzętów medycznych dla chorych dzieci. Artysta wciąż pracuje nad nowymi albumami. Ostatni to „Guitar Heaven: Santana Performs The Greatest Guitar Classics od All Time” z 2010 roku.
Dziś muzykę której początek dał Carlos Santana nazywamy latynoską. W swojej twórczości muzyk wykorzystywał mieszankę gatunków muzycznych i szybkie brzmienia gitarowe na wzór stylu Ameryki Łacińskiej.