Po odej¶ciu z RHCP artysta zacz±³ spo¿ywaæ nadmierne ilo¶ci marihuany i heroiny. Wpad³ w depresjê, nie mia³ inspiracji i weny do tworzenia kolejnych utworów. Wówczas po¶wiêci³ siê malarstwu i pisaniu nowel, a tak¿e scenariuszy filmowych. Wbrew pozorom John nieraz przyznawa³ siê do swojego uzale¿nienia, twierdzi³, ¿e w pe³ni ¶wiadomie korzysta³ z u¿ywek w czasie swojej depresji, poniewa¿ jedynie one pozwala³y mu zobaczyæ piêkno otaczaj±cego ¶wiata. Za¿ywaj±c narkotyki nagra³ swój debiutancki solowy album „Niandra Lades and Usually Just a T-Shirt”, który ujrza³ ¶wiat³o dziennie 8 marca 1994 roku.
Uzale¿nienie wp³ynê³o na jego zdrowie – chud³ w oczach, w pewnym momencie by³ bliski ¶mierci przez zaka¿enie krwi, a jego cia³o pokry³o siê bliznami. Kolejne trzy lata po wydaniu albumu, muzyk spêdzi³ w swojej willi, która wkrótce uleg³a spaleniu w trakcie po¿aru. Kolejny album „Smile from The Streets You Hold” ukaza³ siê w roku 1997, a zarobione dziêki niemu pieni±dze arysta planowa³ wydaæ na u¿ywki. Szczególnie kontrowersyjny ukaza³ siê utwór „Enter a Uh” o niezrozumia³ym tek¶cie i przera¿aj±cym, budz±cym grozê krzyku artysty. Wszystko przeszyte jest kas³aniem Johna, co przypomina o jego pogarszaj±cym siê wówczas stanie zdrowia. Dwa lata pó¼niej album zosta³ wycofany ze sprzeda¿y.
Na pocz±tku roku 1998 za namow± Boba Forresta rozpocz±³ leczenie w Las Encinas w Pasadenie, gdzie zdiagnozowano u niego ¶mierteln± infekcjê ust. Usuniêto mu wiêc zêby i zast±piono protezami, a tak¿e wszczepiono skórê ramion, by blizny nie by³y a¿ tak widoczne. Po opuszczeniu kliniki Frusciante zmieni³ dietê, zacz±³ æwiczyæ i ograniczy³ aktywno¶æ seksualn±. Prowadz±c tak odnowiony tryb ¿ycia bogaty w samodyscyplinê i brak narkotyków, Frusciante stwierdzi³, ¿e straci³ potrzebê korzystania z narkotyków, a nawet poczu³ lepszym cz³owiekiem.
"S± ludzie którzy boj± siê stracenia towaru, lecz o wiele gorsze jest utracenie samego siebie”
Kiedy Dave Navarro opu¶ci³ „Papryczki”, Flea stwierdzi³, ¿e jedynym sposobem na podtrzymanie popularno¶ci i istnienia zespo³u jest poproszenie Johna o powrót. Podczas odwiedzin w domu Frusciante i namawiania go do ponownej wspó³pracy, John wzruszy³ siê i stwierdzi³, ¿e to jedyne czego mu teraz potrzeba. Nag³y powrót gitarzysty przywróci³ dawny klimat RHCP, s³yszalny na albumie „Californication”. Podczas trasy koncertowej promuj±cej kr±¿ek, Frusciante pisa³ teksty do swojej trzeciej solowej p³yty „To Record Only Water for Ten Days”, na którym muzyk odsuna³ siê od rocka alternatywnego, sk³aniaj±c siê ku muzyce elektronicznej i brzmieniu syntezatora.
W 2001 roku RHCP rozpoczêli pracê nad albumem „By The Way”. W tym okresie czasu stwierdzi³, ¿e jego inspiracj± bêd± od tej pory gitarzy¶ci, którzy u¿ywaj± dobrych strun i graj± dobre akordy. Wzorowa³ siê wiêc na Andy Partridge’u, Johnnym Marru i Johnym McGeoch’u. 9 lipca 2002 „By The Way” znalaz³a siê na pó³kach sklepów muzycznych. Swój czwarty solowy album „Shadows collie With People”, John wyda³ w lutym dwa lata po¼niej.
Ju¿ na pocz±tku 2005 roku RHCP rozpoczêli pracê nad „Stadium Arcadium”, która zdominowana zosta³a przez brzmienia gitary Frusciante’go. John po³±czy³ wówczas brzmienia funkowe z melodyjnymi, a utwory zaczyna³ od solówek. Skupi³ siê równie¿ na riffach i niekonwencjonalnych efektach d¼wiêkowych. W tym czasie wspó³pracowa³ równie¿ z The Mars Volta.Po trasie koncertowej promuj±cej „Stadium Arcadium” zespó³ zawiesi³ dzia³alno¶æ z powodu stresu i zmêczenia od momentu wydania „Californication”. Wówczas Frusciante ostatecznie opu¶ci³ zespó³, po¶wiêcaj±c siê solowej karierze. Nagra³ „The Empyrean”. Wydany w styczniu 2009 roku. Przy tworzeniu materia³u wspó³pracowa³ z Flea, Joshem Klinghofferem i Johnym Marrem. John nieraz wspomina³, ¿e jest zadowolony z efektu.
W roku 2003 znalaz³ siê na li¶cie „100 najlepszych gitarzystów wszechczasów” wg magazynu „Rolling Stone”, plasuj±c siê na osiemnastym miejscu.