Po odej軼iu z RHCP artysta zacz掖 spo篡wa� nadmierne ilo軼i marihuany i heroiny. Wpad� w depresj�, nie mia� inspiracji i weny do tworzenia kolejnych utwor闚. W闚czas po鈍i璚i� si� malarstwu i pisaniu nowel, a tak瞠 scenariuszy filmowych. Wbrew pozorom John nieraz przyznawa� si� do swojego uzale積ienia, twierdzi�, 瞠 w pe軟i 鈍iadomie korzysta� z u篡wek w czasie swojej depresji, poniewa� jedynie one pozwala造 mu zobaczy� pi瘯no otaczaj帷ego 鈍iata. Za篡waj帷 narkotyki nagra� sw鎩 debiutancki solowy album „Niandra Lades and Usually Just a T-Shirt”, kt鏎y ujrza� 鈍iat這 dziennie 8 marca 1994 roku.
Uzale積ienie wp造n窸o na jego zdrowie – chud� w oczach, w pewnym momencie by� bliski 鄉ierci przez zaka瞠nie krwi, a jego cia這 pokry這 si� bliznami. Kolejne trzy lata po wydaniu albumu, muzyk sp璠zi� w swojej willi, kt鏎a wkr鏒ce uleg豉 spaleniu w trakcie po瘸ru. Kolejny album „Smile from The Streets You Hold” ukaza� si� w roku 1997, a zarobione dzi瘯i niemu pieni康ze arysta planowa� wyda� na u篡wki. Szczeg鏊nie kontrowersyjny ukaza� si� utw鏎 „Enter a Uh” o niezrozumia造m tek軼ie i przera瘸j帷ym, budz帷ym groz� krzyku artysty. Wszystko przeszyte jest kas豉niem Johna, co przypomina o jego pogarszaj帷ym si� w闚czas stanie zdrowia. Dwa lata p騧niej album zosta� wycofany ze sprzeda篡.
Na pocz徠ku roku 1998 za namow� Boba Forresta rozpocz掖 leczenie w Las Encinas w Pasadenie, gdzie zdiagnozowano u niego 鄉ierteln� infekcj� ust. Usuni皻o mu wi璚 z瑿y i zast徙iono protezami, a tak瞠 wszczepiono sk鏎� ramion, by blizny nie by造 a� tak widoczne. Po opuszczeniu kliniki Frusciante zmieni� diet�, zacz掖 獞iczy� i ograniczy� aktywno嗆 seksualn�. Prowadz帷 tak odnowiony tryb 篡cia bogaty w samodyscyplin� i brak narkotyk闚, Frusciante stwierdzi�, 瞠 straci� potrzeb� korzystania z narkotyk闚, a nawet poczu� lepszym cz這wiekiem.
"S� ludzie kt鏎zy boj� si� stracenia towaru, lecz o wiele gorsze jest utracenie samego siebie”
Kiedy Dave Navarro opu軼i� „Papryczki”, Flea stwierdzi�, 瞠 jedynym sposobem na podtrzymanie popularno軼i i istnienia zespo逝 jest poproszenie Johna o powr鏒. Podczas odwiedzin w domu Frusciante i namawiania go do ponownej wsp馧pracy, John wzruszy� si� i stwierdzi�, 瞠 to jedyne czego mu teraz potrzeba. Nag造 powr鏒 gitarzysty przywr鏂i� dawny klimat RHCP, s造szalny na albumie „Californication”. Podczas trasy koncertowej promuj帷ej kr捫ek, Frusciante pisa� teksty do swojej trzeciej solowej p造ty „To Record Only Water for Ten Days”, na kt鏎ym muzyk odsuna� si� od rocka alternatywnego, sk豉niaj帷 si� ku muzyce elektronicznej i brzmieniu syntezatora.
W 2001 roku RHCP rozpocz瘭i prac� nad albumem „By The Way”. W tym okresie czasu stwierdzi�, 瞠 jego inspiracj� b璠� od tej pory gitarzy軼i, kt鏎zy u篡waj� dobrych strun i graj� dobre akordy. Wzorowa� si� wi璚 na Andy Partridge’u, Johnnym Marru i Johnym McGeoch’u. 9 lipca 2002 „By The Way” znalaz豉 si� na p馧kach sklep闚 muzycznych. Sw鎩 czwarty solowy album „Shadows collie With People”, John wyda� w lutym dwa lata po幡iej.
Ju� na pocz徠ku 2005 roku RHCP rozpocz瘭i prac� nad „Stadium Arcadium”, kt鏎a zdominowana zosta豉 przez brzmienia gitary Frusciante’go. John po陰czy� w闚czas brzmienia funkowe z melodyjnymi, a utwory zaczyna� od sol闚ek. Skupi� si� r闚nie� na riffach i niekonwencjonalnych efektach d德i瘯owych. W tym czasie wsp馧pracowa� r闚nie� z The Mars Volta.Po trasie koncertowej promuj帷ej „Stadium Arcadium” zesp馧 zawiesi� dzia豉lno嗆 z powodu stresu i zm璚zenia od momentu wydania „Californication”. W闚czas Frusciante ostatecznie opu軼i� zesp馧, po鈍i璚aj帷 si� solowej karierze. Nagra� „The Empyrean”. Wydany w styczniu 2009 roku. Przy tworzeniu materia逝 wsp馧pracowa� z Flea, Joshem Klinghofferem i Johnym Marrem. John nieraz wspomina�, 瞠 jest zadowolony z efektu.
W roku 2003 znalaz� si� na li軼ie „100 najlepszych gitarzyst闚 wszechczas闚” wg magazynu „Rolling Stone”, plasuj帷 si� na osiemnastym miejscu.