Przygodę z muzyką rozpoczął od gry na perkusji, fortepianie, gitarze i saksofonie. Od najmłodszych lat przejawiał ogromny talent i potencjał. W wieku nastoletnim pracował już ze znanymi bandami, akompaniując im na gitarze. Pracował z The Temptations i The Supremes, Blood, Sweet and Tears, Waynem Cochranem, czy Patem Methenym.
Jaco Pastorius, źródło: Fender.com
W wieku dwudziestu pięciu lat rozpoczął współpracę z jazzowym Weather Report. Czas najwyższych wzlotów zespołu przypada na udział w nim Pastoriusa. Wraz z grupą odniósł ogromny sukces, zyskując popularność i rozwijając się jako gitarzysta.
Cztery lata później – w roku 1980 – artysta był już gotowy na prowadzenie własnego bandu. Tak powstał Word of Mouth, z którym Jaco niedługo potem ruszył w trzyletnią trasę. Nieustannie pracował u boku największych jazzowych muzyków, a ogromne zaangażowanie i poświęcenie dla muzyki zaczynało odbijać się na jego zdrowiu – wpadł w psychozę maniakalno-depresyjną. Pocieszenie znajdował w alkoholu i narkotykach, które doprowadzały go do coraz większego wycieńczenia.
12 września 1987 roku pod drzwiami nocnego klubu w Fort Lauderdale pobił go Luca Havana – właściciel knajpy. Zmarł po dziesięciu dniach śpiączki, mając zaledwie trzydzieści pięć lat. Prywatnie był mężem Ingrid i ojcem Johna IV, Mary, Felisa i Juliusa.
Artysta odszedł z tego świata, okrzyknięty Hendrixem gitary basowej, gdyż to właśnie jej brzmienie i technikę zrewolucjonizował za życia.