Wkrótce artysta przyłączył się do Green River z Markem Armem, Alexem Vincentem i Jeffem Amentem. Wkrótce Tuner zdecydował się odejść z zespołu zniesmaczony przychylnością Gossarda i Amenta do brzmień heavy metalu. Zastąpił go Bruce Fairweather. Wkrótce grupa wydała EPkę „Come on Down” oraz „Dry As a Bone” w 1987. Rok później na półkach pojawił się pierwszy i ostatni studyjny pełnometrażowy album „Rehab Doll”. Konflikty członków grupy doprowadziły do rozpadu zespołu. Mimo to zachowali etykietę jednego z pierwszych wpływowych na gatunek grunge zespołów.
Tuż po rozpadzie Green River Stone Gossard uformował Mother Love Bone wraz z Amentem, Faiweatherem, Andrews Woodem oraz Gregem Gilmorem. Wkrótce zespół okazał się jednym z najbardziej obiecujących w Seattle, koncertując i nagrywając. W marcu 1989 roku grupa wydała debiutancką EPkę „Shine”. Tego samego roku zespół powrócił do studia w celu nagrania „Apple”. W tym czasie zmarł Wood, który od dłuższego czasu cierpiał na uzależnienie od heroiny. Wydarzenie to opóźniło wydanie krążka, a sam zespół rozpadł się niedługo potem.krótce Grossard zaproponował współpracę Mike’owi McCready’emu tuż po zobaczeniu jego występu w Love Chile. Gra artysty urzekła go na tyle, że stworzyli duet, do którego niedługo potem dołączył Ament. Trio planowało założyć zespół, jednak w tym samym czasie otrzymało propozycję od Temple Of The Dog (Chris Cornell, Matt Cameron). Muzycy przyjęli ofertę, tworząc utwory będące hołdem dla zmarłego Wooda, a także wykorzystując materiały stworzone wcześniej przez McCready’ego, Amenta i Grossarda. Wkrótce, w kwietniu 1991 roku, zespół wydał album „Temple of The Dog”. Nagraniom towarzyszył również Eddie Vedder.
W roku 1990 Stone dołączył do zespołu Pearl Jam z Amentem oraz McCreadym, a także Vedderem i Davem Krusenem. Początkowo grupa znana była pod nazwą Mookie Blaylock, jednak na zmianę zdecydowali się po nawiązaniu współpracy z Epic Records w roku 1991. Wkrótce, tuż przed zakończeniem prac nad albumem „Ten” z Pearl Jam odszedł Krusen, na którego miejsce wstąpił Matt Chamberlain, jednak i on nie zagrzał w zespole miejsca. Jego ostatecznym zastępcą był Dave Abbruzzese. Krążek „Ten” okazał się jednym z najlepiej sprzedających się w roku 1990. Utwór „Jeremy” uzyskał nominację do nagrody Grammy za „Najlepszy Utwór Rockowy” oraz „Najlepszy Utwór Hard Rockowy”. Tuż po zakończonej trasie koncertowej zespół nagrał drugi studyjny album „Vs”. Przez pięć tygodni utrzymywał się on na miejscu pierwszy Billboardu 200 oraz okazał się najlepiej sprzedającym albumme tygodnia. W roku 1995 otrzymał ponadto nominację do Grammy za „Najlepszy Album Rockowy”, nominacje otrzymały również poszczególne utwory z krążka. Następcą „Vs” okazał się „Vitalogy” doceniony nominacją za „Najlepszym Album Roku” oraz „Najlepszy Album Rockowy” w 1996 roku. Krążek uplasował się na 492 miejscu listy „500 Najlepszych Albumów Wszechczasów” stworzonej przez magazyn „Rolling Stone”. Utwór „Spin The Black Circle” otrzymało nagrodę Grammy za „Najlepszy Utwór Hard Rockowy”. W tym czasie z zespołu wyrzucony został Abbruzzese wskutek jego konfliktów z innymi członkami Pearl Jamu. Na jego miejsce wstąpił Jack Irons. W roku 1996 na rynku ukazał się „No Code”, dwa lata później zaś „Yield”. Następstwem była trasa koncertowa zespołu po Stanach Zjednoczonych, podczas której Irons zrezygnował ze współpracy z zespołe. Jego następcą był Matt Cameron. „Do The Evolution” otrzymało nominację do Grammy za „Najlepszy Utwór Hard Rockowy”. W roku 1998 grupa wydała “Last Kiss” – cover ballady J. Franka Wilsona i Cavaliers. Utwór uplasował się na drugim miejscu Billboardu, stając się najlepiej ocenionym singlem zespołu w historii. Wraz z nowym tysiącleciem Pearl Jam wydało kolejny, szósty już album „Binaural”. „Grievance” otrzymał nominację do Grammy za najlepszy utwór rockowy. Następcą „Binaural” był „Riot Act”, który na rynku ukazał się dwa lata później. „Man of The Hour”, będący ścieżką dźwiękową do filmu „Big Fish” otrzymało nominację do Złotych Globów w roku 2004. Ósma płyta – „Pearl Jam” wydana została w 2006 roku, jej następczynią było „Backspacer” z 2009.